L'histoire se passe vers la fin du dix-neuvième siècle, les Akumas deviennent de plus en plus nombreux et la fin du monde est proche. Pour sauver l'humanité, les exorcistes, ceux qui sont choisis par Dieu, combattent les Akumas.
Allen Walker est un jeune garçon qui vient juste d'acquérir le titre d'exorciste, il ne vit que pour détruire les Akumas et leur créateur: le Compte Millénaire.
L'histoire débute dans une maison, dites hantée, où Allen pense trouver un Akuma, c'est ici que commence le long parcours d'Allen et son combat contre les Akumas.